As APAE’s se organizam de forma ampla através do Movimento Apaeano, que tem as seguintes instâncias:
a)Federação Nacional das APAEs.
b)Federação das APAE’s do Estado.
c)Delegacia Regional.
d)APAE.
A Associação de Pais e Amigos dos Excepcionais – APAE tem a incumbência de articular à concretização dos direitos da pessoa portadora de deficiência no município onde está localizada.
Visa assegurar a inclusão e o exercício da cidadania, sempre norteada pelas visão, missão, princípios e diretrizes do Movimento Apaeno nacional.